Οι χαυλιόδοντες του Elephas antiquus περιλαμβάνονται μεταξύ των εντυπωσιακών απολιθωμάτων της παλαιοντολογικής συλλογής του Μουσείου της Πτολεμαΐδας. Πρόκειται για το πιο επιβλητικό παχύδερμο που κατοίκησε ποτέ την Ευρώπη, με ύψος 4,5 μ. και βάρος 7 τόνους, το οποίο έζησε στα απέραντα προϊστορικά δάση της Εορδαίας πριν από 700 χιλιάδες χρόνια.

Τμήμα κρανίου του Bos primigenius, εξαφανισμένο είδος βοοειδούς, με ύψος 1,8 μέτρα, βάρος 1 τόνο και κέρατα μήκους 80 εκατοστών. Βρέθηκε στο Προάστιο Εορδαίας.

Απολιθωμένη κάτω σιαγώνα του Hippopotamus antiques, εξαφανισμένο είδος συγγενικό προς τον σημερινό αφρικανικό ιπποπόταμο, που ξεπερνούσε σε μήκος τα 4 μέτρα και ζύγιζε πάνω από 4 τόνους. Βρέθηκε στην Πεντάβρυσο Εορδαίας.

Αμμωνίτης, απολιθωμένο όστρακο από τις Άλπεις, η ηλικία του υπολογίζεται στα 180 εκατομμύρια έτη.

Το Μουσείο εκτός από τα παλαιοντολογικά εκθέματα φιλοξενεί, αρχαιολογική και λαογραφική συλλογή. Επιπλέον, διατηρεί πτέρυγα πινακοθήκης με έργα Π. Τέτση, Δ. Κοκκινίδη, Γ. Μώραλη, Γ. Βακαλό, Κ. Μαλάμου, Σ. Σόρογκα και ολόκληρο το προσωπικό αρχείο του Παύλου Μοσχίδη.